Comment est née la psychomicrobiotique ?

Guillaume Fond : Suite au décryptage du génome humain, on a eu de grands espoirs pour expliquer toutes les maladies par la génétique. Mais, pourquoi, avec une même prédisposition génétique, les maladies ne se déclenchent que chez certaines personnes ? On se rend compte que c’est vraiment une interaction entre les gènes et l’environnement ; l’influence du microbiote est l’une des grandes hypothèses pour expliquer ces inégalités. La psychomicrobiotique, c’est l’étude des interactions entre le cerveau et le microbiote intestinal et c’est vraiment bidirectionnel. Par exemple, quand le cerveau dysfonctionne, il peut provoquer des diarrhées ou de la constipation.

Quand a-t-on commencé à prendre conscience de l’influence de ce microbiote ?

G.F. : C’est une montée en puissance depuis les années 2000. Il y a d’abord eu une étude importante sur des souris nées par césariennes en conditions stériles. En l’absence de colonisation bactérienne, elles développaient des troubles anxieux très sévères. Mais lorsqu’on leur administrait des probiotiques - des « bonnes bactéries » - pour coloniser leurs tubes digestifs, ces troubles disparaissaient. Par contre, si l’on tardait trop à administrer les bactéries, les troubles anxieux étaient irréversibles. Il y a donc une fenêtre temporelle où la colonisation du tube digestif est capitale pour le développement cérébral, et notamment du système du stress.

Et chez l’être humain ?

G.F. : En 1910 déjà, un médecin indiquait qu’il traitait des mélancolies avec des extraits de yaourt. Mais ce n’est qu’à partir de 2009 que l’on a commencé à faire des études et observer les premiers résultats sur l’humain. Une publication témoignait que les êtres humains pouvaient se répartir en trois groupes selon leur microbiote : on a alors parlé d’entéroype selon les espèces majoritaires dans l’intestin – Bacteroides, Prevotella ou Ruminococcus. Mais ce résultat reste encore controversé.
En ce moment, nous travaillons sur une comparaison entre des gens nés par césariennes et par voie naturelle chez les schizophrènes. Pour l’instant, nos résultats préliminaires sont complétement contre-intuitif : les personnes nées par césariennes sont plus minces. La flore vaginale de la mère joue un grand rôle dans la composition du microbiote, or chez ces personnes ce sont d’autres bactéries qui colonisent l’intestin. On sait que le microbiote se constitue principalement dans les trois premières années de la vie à partir de la naissance et dépend de l’allaitement.

Est-ce justement cette fenêtre temporelle de la colonisation qui explique qu’on ne devienne pas autiste à 30 ans ?

G.F. : Exactement, c’est une différence nette entre l’autisme et la schizophrénie : l’autisme est diagnostiqué avant l’âge de trois ans. On fait l’hypothèse d’un traumatisme immunologique ou infectieux qui impacterait le développement cérébral selon le terrain génétique de la personne. On retrouve en effet des gènes de vulnérabilité chez les personnes schizophrènes ou autistes. Comme les anomalies sont retrouvées dans la fratrie d’enfants autistes, cela suggère aussi des facteurs environnementaux communs. On recherche donc tout ce qui est alimentaire : produits industriels, colorants. Par ailleurs, il y a plus de dix ans, des chercheurs ont montré que l’on pouvait faire disparaître les troubles autistiques grâce aux antibiotiques. Le résultat est assez extraordinaire, mais utiliser un antibiotique, c’est décapiter la flore intestinale. C’est trop dangereux, il y a des résistances, des effets secondaires et ça coute cher.

Comment a-t-on fait le lien entre les anomalies du microbiote et la santé mentale ?

G.F. : Il y a plusieurs voies qui connectent le tube digestif au cerveau : la synthèse de vitamines et de nutriments en général et celle du système sanguin avec la perméabilité du système intestinal… On a beaucoup d’argument pour dire que les pathologies mentales sont liées à des anomalies de la perméabilité intestinale. Une des fonctions du « bon » microbiote est justement de protéger la muqueuse intestinale. Donc dès que le microbiote commence à être perturbé, des molécules du tube digestif passeraient dans le sang et feraient dysfonctionner le cerveau et le reste des organes, y compris le cœur et le foie…
Par exemple, on traite certaines dépressions résistantes par des stimulations vagales, on met des pacemakers dans la cage thoracique pour aller stimuler le nerf vague. On pourrait faire l’hypothèse qu’un microbiote dysfonctionnel entraînerait un défaut de stimulation du nerf vague. Plutôt que d’aller stimuler le nerf vague, il faudrait remettre du microbiote fonctionnel. C’est la question des greffes fécales. Mais pour les maladies psychiatriques, on n’y est pas encore. Ça va demander beaucoup d’efforts et d’investigation…

Que faut-il attendre de ce nouveau pan de la médecine ?

G.F. : Pour l’instant les gens sont sceptiques et considèrent que c’est une mode. Un peu comme l’ulcère gastroduodénal. Jusque dans les années 80, on pensait que c’était à cause du stress et que seule la psychothérapie pouvait le soigner. Puis en 1982, deux chercheurs ont publié des résultats en disant que c’était dû à une bactérie. On pensait qu’aucune bactérie ne pouvait résister à l’acidité de l’estomac. Ils ont mis en évidence Helicobacter pylori, une bactérie responsable de 90% des ulcères. Depuis on sait les soigner.
De manière semblable, pourquoi avons-nous tant tardé à nous intéresser au microbiote ? Parce qu’on n’avait pas les techniques pour l’étudier. On commence à les avoir, mais ça reste compliqué car il y a différents types de microbiote selon l’endroit du tube digestif.
Je suis pourtant persuadé qu’on va trouver des choses. Il ne faut pas s’imaginer que tout est microbiote ; l’idée serait de dire que toutes les maladies mentales peuvent avoir une origine dans le microbiote, mais elles peuvent aussi avoir une origine ailleurs. Il ne faut pas s’imaginer que toutes les maladies se soigneront à partir de l’alimentation et des transplantations fécales, mais il est indispensable de regarder ce qu’il se passe dans notre tube digestif. C’est le potentiel énorme d’une terra incognita.

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Le Dr Guillaume travaille notamment pour les Centres Experts Fondation Fondamental. En recueillant un maximum de données de patients souffrant de pathologies psychologiques, il prévoit de comparer leurs microbiotes.